Gjarpëri është zvarranik me prejardhje nga kafshë të ngjashëm me hardhuca. Paraardhësve të tyre mendohet se t'iu ketë zgjatur trupi shumë dhe pastaj t'iu kenë gërryer këmbët nëpër tokë. Deri më ditët e sotme janë të njohur rreth 3000 lloje gjarpërinjsh. Me përjashtim të polit të veriut, polit të jugut dhe vendeve subpolare gjarpërinjtë hasen në secilin vend të botës.

Nga lloji në lloj trupi i gjarpërinjve mund të ndryshoj p.sh. disa mund të kenë një trup të trash me bisht të shkurtër, kurse disa të tjerë shkojnë duke u holluar normal nga koka e deri te fundi i bishtit. Edhe madhësia e gjarpërinjve ndryshon shumë nga 10cm (gjarpri më i vogël) deri me mbi 10m te Pitoni rrjet (gjarpri më i madh). Është i pa vërtetë pohimi i shumë njerëzve se gjarpri më i madh është anakonda me 10m gjatësi sepse deri më sot askush nuk ka mundur të gjej një anakondë mbi 9 metra e gjysmë.

Lëkura e gjarpërinjve është e përbërë nga tre shtresa: Epidermi (shtresa e jashtme), dermisi (shtresa qëndrore) dhe subdermisi (shtresa e mbrendshme). Secila shtresë i ka funksionet e veta. Epidermi e mbron gjarprin nga ndikimet e jashtme, nga mikrobet e ndryshme. Në dermis gjenden të gjitha nervat, indet lidhëse, enët e gjakut dhe pigmentet (kromatoforet) e gjarprit. Pra në këtë shtresë gjarpri e ka shqisën e të prekurit dhe i ka pigmentet të cilat ia japin ngjyrën atij. Në subdermis gjenden yndyrërat trupore në të cilën është e ruajtur energjia.

Eshtrat e gjarprit mund të ndahen ne tri grupe: Eshtrat e kokës(kafka), boshti kurrizor dhe brinjët. Kafka e gjarprit është e konstruktuar ashtu që të jetë sa më e lëvizshme. Nofullat e gjarprit nuk janë si te njeriu të ngjitura, por janë vetëm të lidhura mes vete, kjo i mundëson gjarprit ta hap gojën shumë. Dhëmbët e rendit të parë tek gjarpëri shërbejn për kapjen e presë, kurse dhëmbët e rendit mbrapa shërbejnë për të bartur prenë deri në laring e tani në lukth.

Pasi që të gjitha eshtrat e gojës tek gjarpri nuk janë të lidhura mes veti gjarpri pas çdo kafshimi apo përbirje të presë duhet që ta hap e ta mbyll gojën disa herë që të gjitha eshtrat të bien në vend të vet.

Gjarpri i ka 200 deri në maksimum 435 unaza kurrizore. Këto unaza janë që të gjitha të ngjitura mes vete me nyje. Edhe pse unazat veç e veç nuk janë në gjendje që të bëjnë një lëvizje fort të thyeshme, numri i madh i tyre e bënë të mundshme që ato kafshë të mund të përdridhen shumë (nëse një gjarpër ka 40 unaza ai mund që të bëjë një lëvizje 60 shkallë). Secila unazë përveç unazës qafore dhe bishtore e kanë nga një çift brinjësh. Brinjët janë të lidhura me unaza me nyje dhe përfundojnë ndarash (nuk bashkohen me njëra tjetrën). Në bazë të këtyre nyjave gjarpri mund ta zgjerojë trupin e vet shumë.

Dhëmbët gjarpri nuk i ka për të përtypur por për mbajtjen e presë ose në rast se është gjarpër helmues i ka për të lëshuar helmin. Dhëmbët nuk i ka të ngjitur në nofulla por vetëm gjenden aty të lirë. Të gjitha dhëmbët i ka të kthyer tek brenda. Nëse preha mundohet të ikë nga goja e gjarprit atëherë dhëmbët e gjarprit vetëm se i hyjnë më thellë në mish.

Gjarpërinjtë kanë 4 lloj dhëmbësh:

1. aglyph: Gjarpërinjtë me këtë lloj dhëmbësh nuk janë helmues. Të gjithë dhëmbët e kanë madhësinë e njëjtë, kanë formën e njëjtë dhe gjenden njejtë të shpërndarë nëpër gojë. Këso lloj dhëmbësh kanë Colubrinae, gjarpërinjtë gjigant boida, gjarpërinjtë e verbër typhlopidae dhe gjarpërinjtë e verbër të hollë leptotyphlopidae.

1. proteroglyph: Gjarpërinjtë me këtë lloj dhëmbësh i kanë disa dhëmbë helmues të cilët ndodhen në anën e përparme të nofullës së larte. Dhëmbët helmues janë pak më të mëdhenj se dhëmbët e tjerë. Përfaqësuesit kryesor të gjarpërinjve me këta dhëmbë janë gjarpërinjtë e detit hydrophiinae dhe naterat e helmueshëm Elapidae. Gjarpërinjtë më të helmueshëm në botë si p.sh. Taipani, gjarpri më i helmueshëm, e ka këtë lloj dhëmbi.

1. opistoglyph: struktura e dhëmbëve të këtyre gjarpërinjve është gati e njëjtë me proteroglyph-in, por ndryshimi është se dhëmbët helmuese gjenden në anën e pasme të nofullës së epërme. Këso lloj dhëmbi kanë naterët mashtruese colubridae.

1. solenoglyph: Këta lloj dhëmbësh gjenden në pjesën e përparme të nofullës së epërme, por janë vetëm dy dhe kanë gjatësi më të madhe se dhëmbët e tjerë (varet nga lloji 3 deri në 6cm). Për këtë arsye kur gjarpri e mbyll gojën dhëmbët e tij palosen pas. Dhëmbët janë me birë në mes si gjilpërat e medicinës dhe nga këto vrima del helmi. Kur gjarpri kafshon dhëmbët e tij shkojnë 90 shkallë para për t'ia mundësuar atij që dhëmbët të hyjnë sa më thellë në trupin e presë. Të gjithë viperët viperidae dhe oterët e gropave crotalinae i kanë këta lloj dhëmbësh.

Shumica e organeve të brendshme të gjarpërit janë të gjatë. Mushkëria e majtë e gjarpërit nuk është gati aspak e formuar,kurse mushkëria e djathtë mund të shkoj deri në 2/3 e gjatësisë së trupit. Kjo mund të shihet edhe nga jashtë kur merr frymë dhe trupi i zgjerohet nga ajo anë më shumë. Në anën e pasme mushkëria e gjarpërit shkon në formë të thesit. Me anën e atij thesi gjarpëri mund të qëndroj një kohë të gjatë pa frym(p.sh. kur gjarpëri e zen prehën shumë të madhe e nuk mund të marrë më frymë me gojë athëher ai i ka rezevat e ajrit në thesin mushkërorë). Edhe mëlçia nuk është e plot, e ka vetëm anën e majtë, por shtrihet gati në tërë trupin.

Pozita e zemrës së gjarpërit gjendet në varshmëri nga vendet e preferuara të tij ku jeton. Zemra e gjarpërit është e përbër vetëm prej një dhome. Tek gjarpërinjtë të cilët jetojnë nëpër lisa zemra është më afër kokës,që edhe nëse gjarpëri zvarritet lart zemra të mund ta furnizojë trurin me gjak. Gjarpërinjtë të cilët jetojnë në tokë zemrën e kanë diku mbas 1/3 e trupit. Me zemren në këtë pozitë gjarpëri mund të ngrit pjesën e përparme të trupit për një kohë të shkurtër. Gjarperinjtë e ujit e kanë zemren diku në mes të trupit. Kështu kanë mundësi që në çfarëdo pozite të qëndrojnë në ujë.

Laringu i gjarpërit është shumë i dredht për t'ia mundësuar një zgjerim të madh dhe kështu mund të ha edhe kafshë të mëdha.Edhe lukthi i gjarpërit ka formë të zgjatur dhe anash është me mure muskuloze. Në këtë vend prodhohen enzimet e tretjes.Këto enzime mund të tretin gati gjithçka përveç lëkuren e insekteve dhe keratinin (flokët, pendlat dhe thonjët).